Investigación en bioquímica molecular y proteómica 2008
Por cuarto año consecutivo los alumnos del último año de la especialidad Química de la Escuela Técnica ORT Argentina realizarán sus proyectos finales en distintas universidades y centros de investigación con profesionales reconocidos. La metodología de trabajo evita la transposición didáctica permitiendo a los estudiantes realizar su actividad final en los lugares donde se está generando el conocimiento.La articulación entre el nivel medio y el posgrado universitario es auspiciada por el CONICET (Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas).
Los proyectos de investigación para el año en curso son:
Modelos experimentales de enfermedades metabólicas: Porfiria y Síndrome Metabólico. Proteómica y Metabolómica de estos disturbios.Investigador: Dra. Marta Blanca Mazzetti.Instituto: Departamento de Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA). Alumnos: Maria Duperron y Mauro Elencwajg. Link: http://proyectofinal6q.blogspot.com/
Evaluación de la expresión de la molecula de adhesión cadherina epitelial en tejidos humanos normales y tumorales.Investigador: Dra. Mónica Vazquez-Levin.Instituto: Instituto de Biología y Medicina Molecular (IBYME - CONICET). Alumnos: Yael Dobzewicz y Gala Szapiro. http://www.proyecto-6q.blogspot.com/
Acción del hexaclorobenceno (HCB) sobre la uroporfirinogeno de una línea celular hepatocitos humanos. Mecanismo de acción.Investigador: Dra. María del Carmen Ríos de Molina.Instituto: Departamento Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.Alumnos: Lucas Toiw y Uriel Frid. http://www.proyectofrid-toiw08.blogspot.com/
Factores no hemodinámicos relacionados con la génesis y evolución de la proteinuria durante la enfermedad renal progresiva.Investigador: Dra. Elsa Zotta.Instituto: Laboratorio de Fisiopatogénia, Departamento de fisiología, Facultad de medicina, UBA.Alumnos: Barbara Helueni y Melanie Naiman. http://www.proyectoq08.blogpsot.com/
Estudio de la participacion de la anandamida en la regulacion de la interaccion espermatozoide-ovioducto en un modelo bovino.Investigador: Dra. Silvina Perez Martinez.Instituto: Facultad de medicina - UBAAlumnos: Judith Arenas Tenenbaum y Melina Braverman. http://www.scienceproject08.blogspot.com/
El estudio de los mecanismos moleculares involucrados en la regulación del gen UGA4 de Saccharomyces cervisiae en respuesta a cambios en la disponibilidad de nutrientes con el fin de dilucidar las distintas cascadas de señales desencadenadas por dichos nutrientes y establecer sus interconexiones.Investigador: Dra Susana Correa García.Instituto: Departamento de Química Biologica, Facultad de ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires.Alumnos: Iván Mikiej y Victoria Salama. http://www.proyectoquimica22.blogspot.com/
Diagnóstico de la enfermedad de Von Willebrand (VWD) tipo 2N por técnicas fenotípicas y genotípicas.Investigador: Dra. Adriana I. Woods.Instituto: Instituto de Investigaciones Hematológicas "Mariano R. Castex" de la Academia Nacional de Medicina.Alumnos: Abigail Skverer y Daniela Lin. http://www.vwd-diagnostico.blogspot.com/
Estudio de la mielinogenesis en el sistema nervioso periferico en condiciones fisiologicas y patologicas. Participacion de celulas pluripotentes en el proceso de degeneracion-regeneracion nerviosa.Investigador: Dra Patricia Setton-Avruj.Instituto: Dpto de Quimica Biologica, Facultad de Farmacia y Bioquimica (IQUIFIB-UBA-CONICET).Alumnos: Averbuj Daniel y Eitan Rozenszajn. http://www.proyectoaverbuj-rozenszajn.blogspot.com/
Diseño y desarrollo de vacunas antitumorales empleando bacterias y celulas tumorales modificadas con genes inmunomodiladores. Estudio de los mecanismos inmunes inducidos.Investigador: Claudia I. Waldner y Claudia Mongini.Instituto: Laboratorio de inmunologia celular y molecular. Centro de Estudios Farmacologicos y Botanicos (CEFYBO. CONICET-UBA)Alumnos: Amalia Surijon y Maria Belen Tolava Rivero. http://www.amibeluproyecto.blogspot.com/
Marcadores Geneticos Asociados al CáncerInvestigador: Dr.Javier Hernán CotignolaInstituto: Laboratorio de Cáncer y Apoptosis del Departamento de Quimica Biologica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires.Alumnos: Ayelén Marano y Solange Perchik. http://marcadoresgeneticos.blogspot.com/
Expresion del canal de la conductancia transmembranal de la Fibrosis Quistica (CFTR) en placentas Preeclampticas: posible rol en la regulacion de la actividad de la Acuoporina-9 (AQP9). Investigador: Dr Alicia E DamianoInstituto: Catedra de Biologia Celular, Departamento de Ciencias Biologicas, Facultad de Farmacia y Bioquimica (UBA)Alumnos: Gabriel Colodenco y Martín Sapir. http://www.tarkuselp.blogspot.com/
Proteómica de factores secretados por células de cáncer de mama y mama normal con capacidad inhibitoria de la producción lipídica.Investigador: Dra.Guerra de Grignoli Liliana Noemi.Instituto: Departamento de Ciencias biologicas. Facultad de ciencias exactas y naturales,UBA-CONICET.Alumnos: Fabiana Durante y Tamara Broitman. http://tyf-proyecto08.blogspot.com/
Neovascularizaciòn en un modelo murino de inflamaciòn aguda inducida por LPS. Investigador:Eulalia de la Torre. Instituto: Facultad de Medicina - Uba - Laboratorio de Inmunofarmacologia. Alumnos: Federico Mauas Walach, Pablo Kuleff. http://finalproyectort.blogspot.com/
14) Interacción de sumo-1 y mage-a2 en la regulacion del oncosupresor p53
Investigador: Martín Monte
Instituto: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA)
Alumnos: Leonel Stermann y Yair Litman
Blog: http://proyectosumo.blogspot.com/
domingo, 17 de agosto de 2008
Modelos experimentales de enfermedades metabólicas: Porfiria y Síndrome Metabólico. Proteómica y Metabolómica de estos disturbios.
Como parte de nuestro proyecto final del colegio, mi compañero de grupo y yo nos incorporamos a un grupo de investigación que trabaja en el proyecto mencionado en el título. La correcta presentación de aquello investigado es parte de nuestra formación como trabajadores en la industria o en la comunidad científica, y es por esto que a fin de año debemos entregar una monografía sobre el proyecto al que nos incorporamos y presentarla oralmente. He aquí la introducción de dicha monografía.
Para bajar el archivo, use cualquiera de estos links:
http://www.wikiupload.com/download_page.php?id=53212
http://www.megaupload.com/?d=7RK58ALN
http://www.uploading.com/files/GFK6ICS3/Introducción.doc.html
http://www.2shared.com/file/3780508/3f65141a/Introduccin.html
http://www.filefactory.com/file/a77785/n/Introducci_n_doc
http://rapidshare.com/files/138106172/Introducci_n.doc.html
http://www.wikiupload.com/download_page.php?id=53212
http://www.megaupload.com/?d=7RK58ALN
http://www.uploading.com/files/GFK6ICS3/Introducción.doc.html
http://www.2shared.com/file/3780508/3f65141a/Introduccin.html
http://www.filefactory.com/file/a77785/n/Introducci
http://rapidshare.com/files/138106172/Introducci_n.doc.html
jueves, 14 de agosto de 2008
Semana 8 (03/07)
Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
Objetivo: amplificar un fragmento de ADN que codifica una enzima cuya actividad posteriormente mediremos, la fosfoenolpiruvato-carboxiquinasa (PEPCK), mediante la técnica de PCR y realizar una corrida electroforética con el mismo.
Parte experimental:
Programa BM 2008:
1) 95ºC – 3 minutos
2) 95ºC – 1 minuto
3) 55ºC – 30 segundos
4) 72ºC – 1 minuto
5) 72ºC – 10 minutos
Placa A:
1: marcadores de peso molecular alto
2: marcadores de peso molecular bajo
3: fracción de menor peso molecular, en mayor concentración que en la calle 5
4: fracción de mayor peso molecular, en mayor concentración que en la calle 6
5: fracción de menor peso molecular, en menor concentración que en la calle 3
6: fracción de mayor peso molecular, en menor concentración que en la calle 4
7: sin siembra
Placa B:
1: sin siembra
2: marcadores de peso molecular alto
3: marcadores de peso molecular bajo
4: fracción de menor peso molecular
5: fracción de mayor peso molecular
6 y 7: sin siembra
Conclusiones: la placa B se realizó para tener un control más de la corrida, sin duplicado. No se sembró en las calles de los costados (1, 6 y 7) para evitar el efecto de bordes. Como se puede observar, hubo diferencias en la amplificación de la fracción de mayor peso molecular con respecto a la de menor peso molecular, a pesar de que las condiciones en la programación de la PCR fueron las mismas. Si uno quisiera determinar el peso molecular de la fracción de menor peso molecular se haría dificultoso ya que la corrida de los patrones utilizados da bandas difusas.
Consideraciones generales:
La técnica de la PCR tiene como principal objetivo amplificar en forma abundante una secuencia de ADN de interés, requiriendo para ello muy poco producto inicial. Para realizar una PCR, se debe conocer de manera precisa la secuencia de nucleótidos del ADN, a fin de desarrollar oligonucleótidos o iniciadores específicos para esta.
La PCR utiliza ciertos pasos de la duplicación del ADN. La ADN polimerasa usa ADN de hebra simple como molde para sintetizar una hebra de ADN complementaria. En su forma más rudimentaria, la PCR consiste de tres pasos:
a. Un paso de desnaturalización: el ADN se incuba a una alta temperatura para generar ADN de hebra simple.
b. Un paso de alineación: donde se promueve un descenso súbito de la temperatura para que los oligonucleótidos (o iniciadores) se unan a las regiones complementarias blanco de la amplificación.
c. Un paso de extensión: la polimerasa se une a los iniciadores y comienza la síntesis de la hebra de ADN complementaria. Este paso se realiza a una temperatura intermedia.
d. Un paso de terminación: En este paso se terminan de copiar totalmente las cadenas incompletas, se realiza a una temperatura mayor que el paso de extensión, por un tiempo más largo, cuando terminan todos los ciclos programados (a, b y c).
Una secuencia completa de los primeros 3 pasos se denomina ciclo térmico. Un protocolo típico de PCR involucra de ~30 a 35 ciclos térmicos. En teoría, cada ciclo duplica la cantidad de material genético; el resultado final es la amplificación de una secuencia de ADN deseada. Por lo general, se amplifican secuencias de ADN que oscilan entre 50 a 1 500 pares de bases.
Objetivo: amplificar un fragmento de ADN que codifica una enzima cuya actividad posteriormente mediremos, la fosfoenolpiruvato-carboxiquinasa (PEPCK), mediante la técnica de PCR y realizar una corrida electroforética con el mismo.
Parte experimental:
Programa BM 2008:
1) 95ºC – 3 minutos
2) 95ºC – 1 minuto
3) 55ºC – 30 segundos
4) 72ºC – 1 minuto
5) 72ºC – 10 minutos
Se realizan 25 ciclos de 2) a 4).
Total: 1 hora y 3 minutos
Total: 1 hora y 3 minutos
Corrimos las muestras por 30 minutos junto con los marcadores genéticos en un gel de agarosa 1%.
Resultados:
Placa A:
1: marcadores de peso molecular alto
2: marcadores de peso molecular bajo
3: fracción de menor peso molecular, en mayor concentración que en la calle 5
4: fracción de mayor peso molecular, en mayor concentración que en la calle 6
5: fracción de menor peso molecular, en menor concentración que en la calle 3
6: fracción de mayor peso molecular, en menor concentración que en la calle 4
7: sin siembra
Placa B:
1: sin siembra
2: marcadores de peso molecular alto
3: marcadores de peso molecular bajo
4: fracción de menor peso molecular
5: fracción de mayor peso molecular
6 y 7: sin siembra
Conclusiones: la placa B se realizó para tener un control más de la corrida, sin duplicado. No se sembró en las calles de los costados (1, 6 y 7) para evitar el efecto de bordes. Como se puede observar, hubo diferencias en la amplificación de la fracción de mayor peso molecular con respecto a la de menor peso molecular, a pesar de que las condiciones en la programación de la PCR fueron las mismas. Si uno quisiera determinar el peso molecular de la fracción de menor peso molecular se haría dificultoso ya que la corrida de los patrones utilizados da bandas difusas.
Consideraciones generales:
La técnica de la PCR tiene como principal objetivo amplificar en forma abundante una secuencia de ADN de interés, requiriendo para ello muy poco producto inicial. Para realizar una PCR, se debe conocer de manera precisa la secuencia de nucleótidos del ADN, a fin de desarrollar oligonucleótidos o iniciadores específicos para esta.
La PCR utiliza ciertos pasos de la duplicación del ADN. La ADN polimerasa usa ADN de hebra simple como molde para sintetizar una hebra de ADN complementaria. En su forma más rudimentaria, la PCR consiste de tres pasos:
a. Un paso de desnaturalización: el ADN se incuba a una alta temperatura para generar ADN de hebra simple.
b. Un paso de alineación: donde se promueve un descenso súbito de la temperatura para que los oligonucleótidos (o iniciadores) se unan a las regiones complementarias blanco de la amplificación.
c. Un paso de extensión: la polimerasa se une a los iniciadores y comienza la síntesis de la hebra de ADN complementaria. Este paso se realiza a una temperatura intermedia.
d. Un paso de terminación: En este paso se terminan de copiar totalmente las cadenas incompletas, se realiza a una temperatura mayor que el paso de extensión, por un tiempo más largo, cuando terminan todos los ciclos programados (a, b y c).
Una secuencia completa de los primeros 3 pasos se denomina ciclo térmico. Un protocolo típico de PCR involucra de ~30 a 35 ciclos térmicos. En teoría, cada ciclo duplica la cantidad de material genético; el resultado final es la amplificación de una secuencia de ADN deseada. Por lo general, se amplifican secuencias de ADN que oscilan entre 50 a 1 500 pares de bases.
Los fragmentos de ADN amplificados pueden ser visualizados en geles de agarosa o de acrilamida, la elección del tipo de gel dependerá del tamaño del ADN amplificado y la resolución de las bandas del ADN que se generen. En la actualidad se han desarrollado muchas variantes de esta técnica. Una de las más conocidas es SSCP (single strand conformation polimorphism), que se utiliza para el tamizaje de mutaciones. En la actualidad se han desarrollado equipos automatizados que realizan la detección del fragmento amplificado; su aplicación es para el tamizaje de virus o bacterias (HIV, tuberculosis y clamidia, por ejemplo).
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